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General
Agradecimientos
Prefacio
Glosario
Introducción
Datos abiertos referentes a la pandemia en México
Del porqué de nuestro libro y un breve recuento de este
Capítulo 1. Diseño metodológico
1.1 La problemática
1.2 Objeto de estudio
1.3 Objetivos de investigación
1.4 Necesidad y utilidad de nuestro libro
1.5 Enfoque y alcance
1.6 Supuestos
1.7 Diseño de la investigación
1.7.1 Recolección de la información
1.7.2 Dos tipos de unidad de análisis
1.7.3 Las variables tiempo y territorio
1.7.4 Dos técnicas de análisis y modelación
1.7.5 Estadística descriptiva
1.7.6 Aprendizaje automático
1.7.7 Patrones geográficos y mapas digitales
1.8 Sobre árboles clasificadores e inferencia estadística
Capítulo 2. Panorama estadístico descriptivo general del dataset Master-3
2.1 Características del paciente
2.2 Historia clínica y comorbilidades
2.3 Curso clínico y resultados
2.4 Contexto epidemiológico
Capítulo 3. Panorama estadístico descriptivo de casos positivos del dataset Master-3
3.1 Características del paciente
3.2 Historia clínica y comorbilidades
3.3 Curso clínico y resultados
3.4 Contexto epidemiológico
Capítulo 4. Patrones de correlación multivariable hallados con aprendizaje automático en casos individuales
4.1 Características del paciente
4.1.1 Estado de mortalidad: falleció o no (atributo falleció)
4.1.2 Estado de intubación (atributo intubado)
4.1.3 Tipo de paciente: ambulatorio u hospitalizado (atributo tipo_paciente)
4.1.4 Clasificación final del caso: COVID-19 confirmado, negativo, inválido, etc. (atributo clasificación_final)
4.1.5 Entidad federativa de residencia (atributo entidad_res)
4.1.6 Estatus indígena (atributo indígena)
4.1.7 Lengua indígena (atributo habla_lengua_indig)
4.1.8 Sexo (atributo sexo)
4.1.9 Estado de embarazo (atributo embarazo)
4.1.10 Intervalo de edad (atributo edad_intervalo)
4.2 Historia clínica y comorbilidades
4.2.1 Diabetes (atributo diabetes)
4.2.2 Inmunosupresión (atributo inmusupr)
4.2.3 Obesidad (atributo obesidad)
4.2.4 Enfermedad renal crónica (atributo renal_crónica)
4.3 Curso clínico y resultados
4.3.1 Ingreso en UCI (atributo UCI)
4.3.2 Resultados de laboratorio (atributo resultado_lab)
4.3.3 Resultados de la prueba de antígeno (atributor esultado_antígeno)
4.4 Contexto epidemiológico
4.4.1 Ola epidémica o periodo interepidémico (atributoola_o_per_interepi)
4.4.2 Mes y año de ingreso (atributo año_mes_ingreso)
4.5 Discusión de los resultados
Capítulo 5. Patrones cronológicos en el nivel de agregación municipal
5.1 El dataset MuniCovid-2022
5.2 Análisis por frecuencia absoluta
5.2.1 Frecuencias absolutas de casos positivos
5.2.2 Frecuencias absolutas de defunciones
5.3 Análisis de tasas municipales por cada 100 mil habitantes
5.3.1 Tasas de casos positivos
5.3.2 Tasas de defunción
5.4 Discusión de los resultados
Capítulo 6. Patrones geográficos en mapas digitales
6.1 Acmé o pico de una etapa de intensificación de trasmisión del SARS-CoV-2
6.2 Mapas de calor
6.3 Mapas coropléticos
6.4 Mapas de tipo gif animado
Capítulo 7. Niveles de ocurrencia de COVID-19 con relación a los perfiles sociodemográficos de los municipios
7.1 Tasas de positivos en 2020: posit_2020_tasa_100mil_INTERV
7.2 Tasas de positivos en 2021: posit_2021_tasa_100mil_INTERV
7.3 Tasas de positivos en 2022 (solo hasta 17 de septiembre):posit_2022_a_sep_17_tasa_100mil_INTERV
7.4 Tasas de positivos desde 2020 hasta 17/Sep/2022:posit_MPAL_TOTAL_tasa_100mil_INTERV
7.5 Tasas de defunción en 2020: def_2020_tasa_100mil_INTERV
7.6 Tasas de defunción en 2021: def_2021_tasa_100mil_INTERV
7.7 Tasas de defunción en 2022 (solo hasta 17 de septiembre):def_2022_a_sep_17_tasa_100mil_INTERV
7.8 Tasas de defunción desde 2020 hasta 17/Sep/2022:def_MPAL_TOTAL_tasa_100mil_INTERV
7.9 Discusión de los resultados
Capítulo 8. Comentarios finales, recomendaciones y trabajo de investigación a futuro
Desafíos y retos pendientes en torno al subregistro y manejo de la información
Desafíos en torno a la diversidad geográfica Sobre el empleo de análisis de patrones de correlación multivariable
REFERENCIAS
Índice de tablas
Tabla 1. Fases de la dinámica de la trasmisión de la pandemia de la COVID-19: comparativo según la OMS versus la SSA.
Tabla 2. Selección de variables disponibles en la base de datos de (SSA, 2022) a las que realizamos análisis de estadística descriptiva con granularidad de individuo.
Tabla 3. Variables de la base de datos COVID-19 de interés especial para analizar tendencias por municipio y semana epidemiológica.
Tabla 4. Valores de la variable clasificacion_final que se toman como casos positivos en esta investigación.
Tabla 5. Falleció.
Tabla 6. Intubado.
Tabla 7. Tipo de paciente.
Tabla 8. Clasificación final del caso.
Tabla 9. Entidad federativa de nacimiento.
Tabla 10. Entidad federativa de residencia.
Tabla 11. Nacionalidad.
Tabla 12. Indígena.
Tabla 13. Habla alguna lengua indígena.
Tabla 14. Sexo.
Tabla 15. Embarazo.
Tabla 16. Paciente pediátrico (entre 0 y 18 años de edad).
Tabla 17. Paciente pediátrico de 0 (cero) años de edad.
Tabla 18. Paciente de 65 años o más.
Tabla 19. Intervalo de edad.
Tabla 20. Diabetes.
Tabla 21. Inmunosupresión.
Tabla 22. Obesidad.
Tabla 23. Insuficiencia renal crónica.
Tabla 24. Neumonía.
Tabla 25. EPOC.
Tabla 26. Asma.
Tabla 27. Hipertensión.
Tabla 28. Enfermedad cardiovascular.
Tabla 29. Tabaquismo.
Tabla 30. Alguna otra comorbilidad.
Tabla 31. Individuo en unidad de cuidados intensivos (UCI).
Tabla 32. Se tomó muestra de laboratorio.
Tabla 33. Resultado de laboratorio.
Tabla 34. Se tomó muestra de antígeno.
Tabla 35. Resultado de prueba de antígeno.
Tabla 36. Cantidad de días transcurridos entre la fecha de inicio de síntomas y la fecha de ingreso al establecimiento de salud.
Tabla 37. Cantidad de días transcurridos entre la fecha de inicio de síntomas y la fecha de defunción.
Tabla 38. Cantidad de días transcurridos entre la fecha de ingreso y la fecha de defunción.
Tabla 39. Origen.
Tabla 40. Sector.
Tabla 41. Entidad federativa de la unidad médica de atención.
Tabla 42. Entidad y municipio de residencia: solo el 79% más alto de los casos (parte 1 de 2).
Tabla 43. Número de ola epidémica o de periodo interepidémico.
Tabla 44. Año y mes de ingreso al establecimiento de salud.
Tabla 45. Semana epidemiológica: solo el 80.4% más alto de los casos.
Tabla 46. Estuvo en contacto con otro caso de COVID-19.
Tabla 47. Falleció: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 48. Intubado: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 49. Tipo de paciente: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 50. Clasificación final del caso: solo en casos positivos según las categorías 1, 2 y 3 de esta variable.
Tabla 51. Entidad federativa de nacimiento: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 52. Entidad federativa de residencia: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 53. Nacionalidad: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 54. Indígena: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 55. Habla alguna lengua indígena: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 56. Sexo: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 57. Embarazo: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 58. Paciente pediátrico (entre 0 y 18 años de edad): solo en casos positivos de COVID.
Tabla 59. Casos pediátricos de 0 (cero) años de edad: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 60. Individuos de 65 años o más: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 61. Intervalos de edad: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 62. Diabetes: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 63. Inmunosupresión: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 64. Obesidad: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 65. Insuficiencia renal crónica: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 66. Neumonía: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 67. EPOC: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 68. Asma: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 69. Hipertensión: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 70. Enfermedad cardiovascular: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 71. Tabaquismo: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 72. Alguna otra comorbilidad: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 73. Individuo en unidad de cuidados intensivos (UCI): solo en casos positivos de COVID.
Tabla 74. Se tomó muestra de laboratorio: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 75. Resultado de laboratorio: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 76. Se tomó muestra de antígeno: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 77. Resultado de prueba de antígeno: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 78. Cantidad de días transcurridos entre la fecha de inicio de síntomas y la fecha de ingreso: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 79. Cantidad de días transcurridos entre la fecha de inicio de síntomas y la fecha de defunción: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 80. Cantidad de días transcurridos entre la fecha de ingreso y la fecha de defunción: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 81. Origen: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 82. Sector: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 83. Entidad federativa de la unidad médica de atención: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 84. Entidad y municipio de residencia: solo el 78.3% más alto de casos positivos de COVID (parte 1 de 2).
Tabla 85. Número de ola epidémica o de periodo interepidémico: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 86. Año y mes de ingreso: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 87. Semana epidemiológica: solo el 80% más alto de los casos positivos de COVID.
Tabla 88. Estuvo en contacto con otro caso de COVID: solo en casos positivos de COVID.
Tabla 89. Resumen de los modelos de árboles clasificadores producidos con casos individuales.
Tabla 90. Análisis de Pareto del atributo target clasificacion_final
Tabla 91. Análisis de Pareto del atributo target clasificacion_final en el dataset Mujeres.
Tabla 92. Olas epidémicas y periodos interepidémicos con sus semanas y fechas de inicio y fin.
Tabla 93. Diccionario de datos del dataset MuniCovid-2022 (versión resumida).
Tabla 94. Conteos de casos positivos por año y mes de ingreso.
Tabla 95. Cantidad de municipios por intervalo de casos positivos de COVID-19 en el año 2020.
Tabla 96. Cantidad de municipios por intervalo de casos positivos de COVID-19 en el año 2020: solo el segmento de 0 a 3,500.
Tabla 97. Cantidad de municipios por intervalo de casos positivos de COVID-19 en el año 2020: solo el segmento de 0 a 260.
Tabla 98. Cantidad de municipios por intervalo de casos positivos de COVID-19 en el año 2021.
Tabla 99. Cantidad de municipios por intervalo de casos positivos de COVID-19 en el año 2021: solo el segmento de entre 0 y 7,000.
Tabla 100. Cantidad de municipios por intervalo de casos positivos de COVID-19 en el año 2021: solo el segmento de entre 0 y 500.
Tabla 101. Cantidad de municipios por intervalo de casos positivos de COVID-19 en el año 2022 (hasta 17/Sep).
Tabla 102. Cantidad de municipios por intervalo de casos positivos de COVID-19 en el año 2022 (hasta 17/Sep): solo el segmento de 0 a 7,000.
Tabla 103. Cantidad de municipios por intervalo de casos positivos de COVID-19 en el año 2022 (hasta 17/Sep): solo el segmento de 0 a 500.
Tabla 104. Cantidad de municipios por intervalo de casos positivos de COVID-19 desde el año 2020 hasta 17/Sep/2022.
Tabla 105. Cantidad de municipios por intervalo de casos positivos de COVID-19 desde el año 2020 hasta 17/Sep/2022: solo el segmento de 0 a 15,000.
Tabla 106. Cantidad de municipios por intervalo de casos positivos de COVID-19 desde el año 2020 hasta 17/Sep/2022: solo el segmento de 0 a 2,000.
Tabla 107: Conteos de defunciones por año y mes.
Tabla 108. Cantidad de municipios por intervalo de defunciones de COVID-19 en el año 2020.
Tabla 109. Cantidad de municipios por intervalo de defunciones de COVID-19 en el año 2020: solo el segmento entre 0 y 300 defunciones.
Tabla 110. Cantidad de municipios por intervalo de defunciones de COVID-19 en el año 2020: solo el segmento entre 0 y 20.
Tabla 111. Cantidad de municipios por intervalo de defunciones de COVID-19 en el año 2021.
Tabla 112. Cantidad de municipios por intervalo de defunciones de COVID-19 en el año 2021: solo el segmento entre 0 y 255 defunciones.
Tabla 113. Cantidad de municipios por intervalo de defunciones de COVID-19 en el año 2021: solo el segmento entre 0 y 45 defunciones.
Tabla 114. Cantidad de municipios por intervalo de defunciones de COVID-19 en el año 2022 (solo hasta 17/Sep).
Tabla 115. Cantidad de municipios por intervalo de defunciones de COVID-19 en el año 2022 (solo hasta 17/Sep): solo el segmento entre 0 y 51.
Tabla 116. Cantidad de municipios por intervalo de defunciones de COVID-19 en el año 2022 (solo hasta 17/Sep): solo el segmento entre 0 y 6.
Tabla 117. Cantidad de municipios por intervalo de defunciones de COVID-19 en el periodo de 2020 a 17/Sep/2022.
Tabla 118. Cantidad de municipios por intervalo de defunciones de COVID-19 en el periodo de 2020 a 17/Sep/2022: solo el segmento entre 0 y 510.
Tabla 119. Cantidad de municipios por intervalo de defunciones de COVID-19 en el periodo de 2020 a 17/Sep/2022: solo el segmento entre 0 y 90.
Tabla 120. Tasas de casos positivos (clasificación final 1, 2 o 3) de COVID-19 por municipio en el año 2020.
Tabla 121. Tasas de casos positivos (clasificación final 1, 2 o 3) de COVID-19 por municipio en el año 2020: solo el segmento de tasas entre 0 y 900.
Tabla 122. Tasas de casos positivos (clasificación final 1, 2 o 3) de COVID-19 por municipio en el año 2021.
Tabla 123. Tasas de casos positivos (clasificación final 1, 2 o 3) de COVID-19 por municipio en el año 2021: solo el segmento de tasas entre 0 y 2,000.
Tabla 124. Tasas de casos positivos (clasificación final 1, 2 o 3) de COVID-19 por municipio en el año 2022 (hasta 17/Sep).
Tabla 125. Tasas de casos positivos (clasificación final 1, 2 o 3) de COVID-19 por municipio en el año 2022 (hasta 17/Sep): solo el segmento de tasas entre 0 y 2,100.
Tabla 126. Tasas de casos positivos (clasificación final 1, 2 o 3) de COVID-19 por municipio desde 2020 hasta 17/Sep/2022.
Tabla 127. Tasas de casos positivos (clasificación final 1, 2 o 3) de COVID-19 por municipio desde 2020 hasta 17/Sep/2022: solo el segmento de tasas entre 0 y 6,000.
Tabla 128. Tasas de defunción por COVID-19 por municipio en el año 2020.
Tabla 129. Tasas de defunción por COVID-19 por municipio en el año 2020: solo el segmento de tasas de entre 0 y 200.
Tabla 130. Tasas de defunción por COVID-19 por municipio en el año 2021.
Tabla 131. Tasas de defunción por COVID-19 por municipio en el año 2021: solo el segmento de tasas de entre 0 y 150.
Tabla 132. Tasas de defunción por COVID-19 por municipio en el año 2022 (hasta 17/Sep).
Tabla 133. Tasas de defunción por COVID-19 por municipio en el año 2022 (hasta 17/Sep): solo el segmento entre 0 y 30.
Tabla 134. Tasas de defunción por COVID-19 por municipio desde 2020 hasta 17/Sep/2022.
Tabla 135. Tasas de defunción por COVID-19 por municipio desde 2020 hasta 17/Sep/2022: solo el segmento de tasas entre 0 y 6,000.
Tabla 136. Resumen de los modelos de árboles clasificadores producidos con datos de COVID-19 y datos sociodemográficos con nivel de agregación municipal, usando conjuntamente los datasets MuniCOVID-2022 y MuniciMex-2020 (MuniCovid_2022_y_munici_ mex_2020_2023_06_20_b2).
Índice de figuras
Figura 1. Ejemplo de árbol clasificador producido con un algoritmo de aprendizaje automático supervisado.
Figura 2. Fecha de ingreso al establecimiento de salud.
Figura 3. Fecha de inicio de síntomas.
Figura 4. Fecha de defunción.
Figura 5. Fecha de ingreso al establecimiento de salud: solo en casos positivos de COVID.
Figura 6. Fecha de inicio de síntomas: solo en casos positivos de COVID.
Figura 7. Fecha de defunción: solo en casos positivos de COVID.
Figura 8. Casos positivos por mes de ingreso.
Figura 9. Conteos de defunciones por año y mes.
Figura 10. Mapa de calor de tasas municipales de positivos por cada 100,000 habitantes en julio de 2020 (pico de la primera ola).
Figura 11. Mapa de calor de tasas municipales de defunción por cada 100,000 habitantes en julio de 2020 (pico de la primera ola).
Figura 12. Mapa de calor de tasas municipales de positivos por cada 100,000 habitantes en enero de 2021 (pico de la segunda ola).
Figura 13. Mapa de calor de tasas municipales de defunción por cada 100,000 habitantes en enero de 2021 (pico de la segunda ola).
Figura 14. Mapa de calor de tasas municipales de positivos por cada 100,000 habitantes en agosto de 2021 (pico de la tercera ola).
Figura 15. Mapa de calor de tasas municipales de defunción por cada 100,000 habitantes en agosto de 2021 (pico de la tercera ola).
Figura 16. Mapa de calor de tasas municipales de positivos por cada 100,000 habitantes en enero de 2022 (pico de la cuarta ola).
Figura 17. Mapa de calor de tasas municipales de defunción por cada 100,000 habitantes en enero de 2022 (pico de la cuarta ola).
Figura 18. Mapa de calor de tasas municipales de positivos por cada 100,000 habitantes en julio de 2022 (pico de la quinta ola).
Figura 19. Mapa de calor de tasas municipales de defunción por cada 100,000 habitantes en julio de 2022 (pico de la quinta ola).
Figura 20. Mapa coroplético de tasas municipales de positivos por cada 100,000 habitantes en julio de 2020 (pico de la primera ola).
Figura 21. Mapa coroplético de tasas municipales de positivos por cada 100,000 habitantes en enero de 2021 (pico de la segunda ola).
Figura 22. Mapa coroplético de tasas municipales de positivos por cada 100,000 habitantes en agosto de 2021 (pico de la tercera ola).
Figura 23. Mapa coroplético de tasas municipales de positivos por cada 100,000 habitantes en enero de 2022 (pico de la cuarta ola).
Figura 24. Mapa coroplético de tasas municipales de positivos por cada 100,000 habitantes en julio de 2022 (pico de la quinta ola).
Figura 25. Mapa coroplético de tasas municipales de defunción por cada 100,000 habitantes en julio de 2020 (pico de la primera ola).
Figura 26. Mapa coroplético de tasas municipales de defunción por cada 100,000 habitantes en enero de 2021 (pico de la segunda ola).
Figura 27. Mapa coroplético de tasas municipales de defunción por cada 100,000 habitantes en agosto de 2021 (pico de la tercera ola).
Figura 28. Mapa coroplético de tasas municipales de defunción por cada 100,000 habitantes en enero de 2022 (pico de la cuarta ola).
Figura 29. Mapa coroplético de tasas municipales de defunción por cada 100,000 habitantes en julio de 2022 (pico de la quinta ola).
